Stranke uz pomoć medijatora odlučuju kako će se odvijati postupak medijacije. Postoje određeni okviri koje daje Zakon o mirenju. Isto tako, postoje iskustvena pravila koja uvjetuju strukturu postupka medijacije. Na samim strankama je da dogovorno, na prijedlog i uz pomoć medijatora, odrede način odvijanja postupka, što im u najvećem broju slučajeva medijator uvodno predloži. Postupak medijacije je strukturiran na sličan način bez obzira o tome raspravlja li se o obiteljskom ili nekom imovinskopravnom problemu. Postupak je uvijek povjerljiv i uvijek se pokušava naći najbolji (zajednički) interes stranaka kao temelj za rješenje spora.
