Medijacija se odvija u nekoliko osnovnih stadija. Prethodi joj suglasni prijedlog stranaka za medijaciju i imenovanje medijatora s HUM-ove Liste medijatora. Tajnik HUM-a ili medijator dogovaraju sa strankama vrijeme prvog sastanka na kojem se obično potpisuje izjava o povjerljivosti i sporazum o medijaciji.
Poželjno je da medijator sa strankama i njihovim punomoćnicima kontaktira prije prvog sastanka, tijekom medijacije pa i nakon okončanja medijacije. Odvojeni pripremni sastanci medijatora sa strankama prije prvog zajedničkog sastanka, mogu biti od iznimne važnosti za kasniju kvalitetu medijacije i brzinu rješavanja spora. Cilj tog sastanka je predstavljanje i upoznavanje medijatora sa strankama i njihovim punomoćnicima radi uspostavljanja i razvijanja međusobnog povjerenja. Na ovom sastanku medijator od stranaka saznaje o njihovom problemu, a on stranke upoznaje se medijacijom i načinom njihovog postupanja u njoj. Slijedi dogovor oko prvog zajedničkog sastanka.
Na prvom zajedničkom sastanku utvrđuje se predmet spora i prikupljaju informacije o sporu. Stranke iznose svoje priče bez uzajamnog prekidanja. Svaka stranka ima priliku da iznese sve što je njoj važno. Punomoćnici stranka iznose svoje poglede na spor. Razmjenjuju se informacije, postavljaju pitanja, daju pojašnjenja, slobodno izražavaju emocije, definira se bit spora. Medijator je aktivan i pomaže strankama u artikuliranju njihovih suprotstavljenih pozicija i iznalaženju elemenata oko kojih postoji slaganje.
Potom se utvrđuju mogućnosti i alternativna rješenja spora. Definiraju se potrebe i interesi stranaka, iznalaze se zajednički interesi, utvrđuju njihova prava i dužnosti koja bi trebala biti predmetom nagodbe, utvrđuju se prioriteti, nude se različita rješenja, ukazuje se na potrebu ili mogućnost održavanja dugoročnih odnosa između stranaka i u budućnosti, raspravlja se o najboljim i najlošijim mogućim rješenjima i alternativama za stranke za slučaj da ne sklope nagodbu. Po potrebi, i nakon zajedničkog sastanka, održavaju se zasebni sastanci medijatora sa strankama.
Tijekom pregovaranja u medijaciji medijator pojašnjava pozicije i stavove stranaka, potiče njihove prijedloge upravljene ka konačnom rješenju, dovodi u dvojbu nefleksibilne stranačke stavove, podsjeća stranke zašto su izabrale medijacija, potiče ih na samo-procjenu izgleda u parnici, odnosno na razmišljanje o tome kakve su za njih moguće posljedice i rizici nesklapanja nagodbe. Medijator strankama pomaže da se približe sporazumu razmatranjem ponuđenih mogućnosti te da među njima odaberu one koje su za njih najprimjenjivije i najprihvatljivije.
S ciljem sklapanja nagodbe medijator pomaže u sažimanju onog nespornog, eliminiraju se nejasnoće, složeno se čini jednostavnim, predlaže se nacrt nagodbe, sastavlja i potpisuje nagodba. Za slučaj da stranke medijaciju ne okončaju nagodbom, medijator iznosi pregled utvrđenih problema i postignutog napretka tijekom mirenja te ohrabruje stranke uputom da prekid u pregovorima mogu smatrati i samo privremenim zastojem, te im najavljuje kroz određene vrijem radnje usmjerene ma mogući nastavak medijacije.